有機肥熟化系統的大小主要由產量規模和熟化方式決定，其計算方式同有機肥發酵系統。有機肥儲存系統規模應根據有機肥水分與儲存時間確定，如儲存時間不超過3個月，則水分含量可在18%左右，如果儲存時間在3個月甚至更長時間，則水分含量要相應降低，但一般達到14%～15%即可。同時有機肥應采用防潮包裝。有機肥儲存過程中，應注意碼放高度，一般以不超過1m為宜。